Исход Первой мировой войны фактически уничтожил флот, который пользовался особой поддержкой кайзера Вильгельма II. Это вызвало в общественном мнении вопрос о его ценности. Опыт двух войн в Шлезвиг-Гольштейне, с блокадой немецкого побережья флотом небольшого датского королевства, был давно забыт, а имперский флот не смог оказать решающего влияния на ход мировой войны для Германии. Прежде всего, осознание риска не помешало Великобритании вступить в войну, хотя несколько лет спустя (с подписанием Вашингтонского военно-морского договора в 1922 году) мнение государственного секретаря фон Тирпица подтвердилось: война между Великобританией и Германией лишит Лондон его позиции ведущей мировой военно-морской державы. Поскольку концепция риска не смогла предотвратить войну, общая стратегическая концепция, на основе которой был создан Имперский германский флот, также не воплотилась в жизнь.

Сдача почти всех военных кораблей практически уничтожила материальные ресурсы флота; последствия революции и все еще неразрешенные противоречия между рядовыми, младшими офицерами, прапорщиками и офицерами подорвали внутреннюю сплоченность до ничтожного уровня. Командно-административный аппарат остался лишь частично целым. Предыдущие командиры были лишены своих полномочий советами солдат; их вынудили покинуть свои посты или уволили. Среди самих солдатских советов царила неразбериха, особенно учитывая, что некоторые из них к концу ноября 1918 года уже вступили в конфликт с правительством народных депутатов и, вопреки своей надзорной функции, в основном занимались политической агитацией против него.

Из первоначального состава военно-морских властей осталось полностью нетронутым и функционирующим только Имперское военно-морское управление (R.M.A.), государственный секретарь, вице-адмирал Риттер фон Манн Эдлер фон Тихлер, также оставался на своем посту. R.M.A. теперь функционировало от имени Фридриха Эберта как центральный орган и высшее командование флота. Риттер фон Манн, при поддержке народного представителя Густава Носке (который стал министром Рейхсвера 27 декабря 1918 года), стремился предотвратить полный распад флота и обеспечить возможность принятия и осуществления мер по демобилизации.

Первая проблема с руководством возникла после ухода Риттера фон Манна. Она была решена с относительно небольшими осложнениями после того, как глава R.M.A. фрегаттен-капитан Редер (Raeder), предложил канцлеру Эберту и министру рейхсвера Носке в качестве его преемника весьма уважаемого и способного контр-адмирала Адольфа фон Трота, в то время возглавлявшего управление военно-морского персонала R.M.A.. Предложение было принято ими. В течение короткого переходного периода старший по званию директор департамента, вице-адмирал Максимилиан Рогге, продолжал исполнять обязанности государственного секретаря и главы R.M.A., поскольку правительство хотело официально назначить Троту только после роспуска Солдатского совета (Комитета 53). 26 марта 1919 года фон Трота был официально назначен «начальником Адмиралтейства» (Chef der Admiralität), органа, в который R.M.A., включая оставшихся членов Адмиралтейского штаба, была официально переименована только 15 июля 1919 года.

16 апреля 1919 года Национальное собрание приняло закон о создании «Временного государственного флота» (Vorläufige Reichsmarine) при поддержке Социал-демократической партии (СДПГ). Против проголосовала только радикальная левая Независимая социал-демократическая партия (НСДПГ). Однако это еще не гарантировало способности флота эффективно функционировать в будущем, хотя закон уже определил некоторые из его задач, поскольку условия его создания оставались неизвестными. В этот период повседневные задачи Адмиралтейства в основном состояли из решения вопросов разоружения, а также увольнения и переназначения персонала, а также формирования добровольческих подразделений как для военно-морских (тральщики и эскортные), так и для сухопутных частей, поскольку правительству срочно требовались надежные войска для подавления коммунистических восстаний и поддержания порядка.

Еще в конце 1918 года тогдашний губернатор Киля Носке инициировал формирование такого подразделения — 1-й морской бригады (также известной как «Железная дивизия»), которая была направлена в Берлин в январе 1919 года в ответ на восстание спартакистов. Полковник фон Роден стал командиром 1-й морской бригады, состоявшей в основном из прапорщиков и унтер-офицеров из района Киля, 10 января 1919 года, в день ее развертывания в Берлине. После операций в Берлине и, в феврале, в Бремене, подразделение было переведено обратно в Киль и расформировано там в мае 1919 года.

По приказу Имперского правительства от 3 и 18 февраля 1919 года, командования обеих станций должны были создать по одной дополнительной добровольческой бригаде. В Вильгельмсхафене это была 2-я военно-морская бригада под командованием подполковника ГерманаЭрхардта, а в Киле — 3-я военно-морская бригада под командованием подполковника фон Лёвенфельда. Обе бригады существовали более года и были развернуты правительством как для оборонительных задач на восточной границе, так и для борьбы с внутренними беспорядками. Они представляли собой элитные подразделения со строгой дисциплиной и ярко выраженными националистическими настроениями. Члены этой группировки, своими действиями против противников правительства — действиями, которые с обеих сторон велись очень ожесточенно, — стремились восстановить репутацию флота, запятнанную революцией, и, как выразился один из офицеров палубной команды, «…было особенно приятно наконец-то свести счеты с этими парнями, которые так опозорили имя флота».

Первым крупным и серьезным событием за время пребывания фон Троты на посту командующего флотом стало затопление военных кораблей, интернированных в Скапа-Флоу 21 июня 1919 года, по приказу командующего ФОМ, контр-адмирала фон Ройтера. Это действие имело последствия для оставшегося флота, поскольку союзники теперь требовали, хотя и лишь под предлогом, сдачи линкоров типа "Nassau" и современных легких крейсеров, которые должны были стать ядром реконструкции флота, а также буксиров, плавучих доков и другого оборудования.

Мирный договор, фактически мирный диктат, подписанный 28 июня 1919 года, ограничивал численность личного состава флота 15 000 человек, а его вооружение — 6 старыми линкорами, 6 легкими крейсерами, 12 эсминцами и 12 миноносцами. Позже (26 марта 1920) конференцией послов союзников был признан также состав резерва: 2 линкора, 2 легких крейсера, 4 эсминца и 4 миноносца. Кроме того, конференция предоставила дополнительные уступки, не предусмотренные договором, такие как тральщики и учебные суда.

Флоту было запрещено иметь подводные лодки или самолеты. Водоизмещение кораблей также было ограничено, как и максимально ранняя возможная дата замены: броненосцы до 10 000 тонн / после 20 лет, легкие крейсера до 6 000 тонн / после 20 лет, эсминцы до 800 тонн / после 15 лет и миноносцы до 200 тонн / после 15 лет. Договор не содержал точного определения того, как рассчитывать водоизмещение (это варьируется в зависимости от флота), что Германия впоследствии использовала.

В период пребывания фон Троты на посту (начальник Центрального управления - фрегаттен-капитан, позже капитан-цур-зее Редер) были проведены решающие организационные изменения. Помимо необходимости сокращения штаба и личного состава, были извлечены уроки из последствий раздробленной организации Имперского флота, и все командные и административные функции были сосредоточены в Адмиралтействе. Однако начальник Адмиралтейства больше не подчинялся непосредственно канцлеру, как это было в случае со Штошем и Каприви или государственными секретарями R.M.A., а был подчинен министру обороны.

В этот период много внимания уделялось целям и будущим задачам флота, поскольку предпринимались попытки упразднить флот как независимую структуру и заменить на департамент в составе командования армии, занимающийся исключительно морской полицией и патрулированием побережья. Хотя командование армии само по себе не желало такой интеграции, оно с радостью включило бы в свой состав две военно-морские бригады (Эрхардта и фон Лёвенфельда), которые и так часто участвовали в армейских операциях, несмотря на то, что находились под командованием Адмиралтейства.

Вся проделанная к тому времени работа оказалась под угрозой из-за Капповского путча 13 марта 1920 года. Контр-адмирал фон Трота был освобожден от должности 22 марта 1920 года, и начальник управления военно-морского флота, контр-адмирал Вильгельм Михаэлис, был назначен исполняющим обязанности от имени начальника Адмиралтейства. Само существование военно-морского флота вновь оказалось под вопросом. Срок полномочий контр-адмирала Михаэлиса был омрачен этой проблемой. Шесть месяцев его пребывания в должности были в основном посвящены усилиям по смягчению последствий этой второй неудачи и созданию условий для нового начала, для сохранения и восстановления военно-морского флота.

25 и 27 мая контр-адмирал Зенкер и капитан-цур-зее барон фон Гагерн смогли приступить к исполнению своих обязанностей в качестве командиров станций, соответственно, в Вильгельмсхафене и Киле, и все остальные офицеры также возобновили свою работу. Указом рейхспрезидента от 15 июня говорилось, что «военный порядок в Имперском флоте восстановлен».

Лето 1920 года оставалось очень нестабильным временем для ВМФ. Первоначально окончательное назначение нового начальника Адмиралтейства не состоялось. Офицерский корпус в основном надеялся на почетную реабилитацию фон Троты и его возвращение на высший пост. После того, как возвращение фон Троты стало маловероятным, в Адмиралтействе начали рассматривать кандидатуры на должность нового начальника Адмиралтейства. Хотя Михаэлис был признан в офицерских кругах, а также министром Рейхсвера доктором Гесслером, честным и способным человеком, в то время он не считался подходящим кандидатом на должность руководителя офицерского корпуса и флота. Решение вопроса о руководстве стало решающим, когда в августе 1920 года было объявлено, что президент ставит под сомнение необходимость независимого военно-морского командования. Военно-морской офицерский корпус нуждался в офицере, который, опираясь на доказанные лидерские качества и авторитет на фронте, мог бы в значительной степени гарантировать успешное командование флотом. Глава высшего ведомства Адмиралтейства, контр-адмирал Лёляйн, был исключен из числа кандидатов по той же причине, что и Михаэлис. Наряду с капитаном-цур-зее бароном фон Фрейбергом-Эйзенбергом-Альмендингеном (начальником управления военно-морского персонала), капитаном-цур-зее Пюлленом (начальником управления военно-морского командования) и фрегаттен-капитаном Вульфингом (позже Вульфингом фон Диттеном, исполняющим обязанности начальника Центрального управления), рассматривались также кандидатуры адмирала Шеера, вице-адмирала Бенке и вице-адмирала Хопмана.

Контр-адмирал Михаэлис при поддержке министра Рейхсвера добился независимости военно-морского флота на заседании кабинета министров 24 августа 1920 года. В качестве тактической уступки название было изменено с «Адмиралтейство» на «Военно-морское командование» (Marineleitung), и это изменение официально вступило в силу 15 сентября 1920 года.

Вопрос о руководстве был решен вскоре после этого: вице-адмирал Бенке был восстановлен в должности и назначен начальником Адмиралтейства/Военно-морского командования 31 августа 1920 года (вступил в должность 3 сентября 1920 года). Контр-адмирал Михаэлис был отправлен в отпуск и уволен 20 декабря 1920 года.

С назначением Бенке начался период спокойствия, организационной консолидации и примирения в Имперском флоте. Адмирал Пауль Бенке первоначально видел свою задачу в достижении внутренней консолидации в флоте и превращении его в надежный актив для конституционного правительства. Он быстро установил прекрасные отношения с министром Рейхсвера. Бенке требовал от флота чисто технической и объективной, но политически нейтральной работы.

Этот процесс внутренней консолидации начался с расформирования и объединения двух военно-морских бригад и, после преодоления некоторых спровоцированных инцидентов, вызванных уходом нелояльных офицеров, к концу 1920 года мог считаться завершенным. Адмирал Бенке, помня о событиях ноября 1918 года, подчеркивал важность образования и благополучия, придерживаясь девиза: «Солдат следует направлять не наказанием, а образованием и обучением».

23 марта 1921 года Рейхстаг принял новый Закон об обороне, положив конец «временному» статусу. 1 января 1922 года был принят новый военный флаг (черно-бело-красный с Железным крестом в центре и черно-красно-золотым в верхнем левом углу). До этого момента флот продолжал ходить под Имперским военным флагом.

До конца года политическая ситуация привела к передаче исполнительной власти министру Рейхсвера 26 сентября 1923 года, а с 8 ноября 1923 года — начальнику командования армии генералу фон Зеекту. В этом внутриполитическом кризисе армия и флот считали себя хранителями конституции. Во время коммунистического восстания Гамбурге 24 октября 1923 года военно-морской флот смог поддержать полицию ганзейского города десантным отрядом с крейсера «Hamburg», тем самым продемонстрировав свою военную надежность.

Под командованием Бенке развитие военно-морских сил, которые первоначально подчинялись командованиям Балтийского и Северного морей, продвинулось настолько, что с 15 октября 1923 года был назначен главнокомандующий военно-морскими силами (Oberbefehlshaber der Seestreitkräfte) вице-адмирал Ценкер, который подчинялся начальнику военно-морского командования. 1 апреля 1925 года эта должность была переименована в «Командир флота» (Flottenchef).

После четырех лет во главе флота адмирал Бенке вышел в отставку 30 сентября 1924 года. При уходе он смог признать, что, несмотря на потрясения революции и Капповского путча, а также несмотря на устаревшее судостроение и суровые мирные условия, ему удалось создать сплоченный офицерский корпус, который видел свою роль в служении государству путем передачи и развития навыков и знаний профессии, тем самым способствуя возрождению уважения к Германскому Рейху, оживлению торговли и созданию современного торгового флота, а также устранению дискриминационных ограничений.

Преемником Бенке стал адмирал Ханс Ценкер, офицер с подтвержденным опытом службы в качестве командира корабля «von der Tann», на штабных должностях, а также в качестве командира станции и главнокомандующего военно-морскими силами, который обнаружил, что ситуация уже устоялась. Организация была хорошо налажена, военно-морское командование было сокращено до необходимого размера, а фокус флота сместился с суши на море. Ценкер принял концепцию заморских плаваний для немецких военных кораблей, концепцию, уже реализованную адмиралом Бенке. Хотя первоначально Германия могла отправлять за границу только устаревшие корабли, эти плавания оказались полезными во всех отношениях. Они предназначались как для морской, так и для военной подготовки, а также для уменьшения политической изоляции Германии и развития экономических, политических и личных связей за рубежом.

Ценкер уделял особое внимание воспитанию ответственности, чувства чести, чувства долга, товарищества и удовлетворенности работой. Под его руководством были разработаны правила управления. Продолжались работы по картографированию, начатые еще при Бенке, — область, в которой активно участвовали и прусский и имперский флоты.

Под руководством адмирала Ценкера также началась работа по замене устаревшего флота. В конце 1924 года было одобрено строительство первого миноносца (позже «Möwe»), за которым последовали ещё пять в 1925 году и шесть в 1926 году. Крейсер «Emden» вошёл в состав флота в 1925 году. В том же году Рейхстаг одобрил строительство будущего крейсера «Königsberg», за которым последовали «Karlsruhe» и «Köln» в 1926 году, а также «Leipzig» в 1928 году. Вопрос о строительстве нового карманного линкора «А», позже «Deutschland», также возник во время командования Ценкера. Под его руководством карманный линкор был спроектирован и введён в строй в окончательном виде.

После краха 1918 года вопрос о задачах флота отошел на второй план и вновь стал актуальным лишь в связи с необходимостью самосохранения. Стало ясно, что флот с его ограниченным и устаревшим вооружением может выполнять лишь ограниченные оборонительные задачи. В центре внимания оказались Балтийское море и обеспечение безопасности Восточной Пруссии. Другой проблемой стало противодействие возможности того, что Польша и Франция, образовавшие союз, будут действовать как противники. Поскольку исследования показали, что линий снабжения через Скандинавию и немецкие балтийские порты будет недостаточно для оборонительной войны Германии, в эпоху Ценкера в военно-морское командование вошла в повестку дня идея защиты собственных судоходных путей Германии в Северном море и противодействия ожидаемой блокаде со стороны Польши и Франции. Великобритания даже не рассматривалась как потенциальный противник. Против неё не было контрмер, и поэтому считалось, что политическое руководство Германии должно действовать таким образом, чтобы не допустить перехода Великобритании на сторону любого потенциального врага. Эта позиция преобладала в флоте до 1937 года. Эпоха Ценкера закончилась так называемым «делом Ломана», что вновь бросило тень на военно-морской флот, нанеся ущерб его кропотливо создававшейся с 1920 года репутации. В результате в январе 1928 года министр обороны д-р Гесслер подал в отставку (его преемником стал генерал в отставке Грёнер), а адмирал Ценкер покинул службу 30 сентября 1928 года.

Рейхпрезидент назначил преемником Зенкера адмирала доктора Эриха Редера, ранее возглавлявшего Балтийскую военно-морскую станцию. Редер был энергичной личностью, с юных лет прославившейся своей трудолюбием и компетентностью. Будучи первым штабным офицером, а затем начальником штаба, более пяти лет он был правой рукой командующего разведывательными кораблями, вице-адмирала фон Хиппера, и сыграл значительную роль в руководстве этим подразделением. Кроме того, будучи главой Центрального управления Имперского военно-морского ведомства/Адмиралтейства с 1918 по 1920 год, он внёс значительный вклад в реорганизацию военно-морского руководства. В сентябре 1924 года, будучи командующим силами Балтийского моря, он наконец получил желанное командование эскадрой, от которого ему пришлось отказаться в январе 1925 года, чтобы занять пост начальника базы в Киле.

Под твердым руководством Редера наконец-то была достигнута консолидация. Под его командованием старые корабли были заменены новыми. Ему удалось за относительно короткое время завоевать доверие министра Рейхсвера, правительства и, в значительной степени, парламента, тем самым уменьшив опасения политиков по поводу военно-морского флота.

В составе флота произошли следующие изменения: 1 января 1930 года были упразднены должности командующих военно-морскими силами Балтийского и Северного морей, и заменены на должности командующего разведывательными силами (B.d.A.) и командующего линкорами (B.d.L., с 1 октября 1936 года – командующего броненосцами – B.d.P.). 25 февраля 1930 года командование флота было переведено из Вильгельмсхафена в Киль. Осенью 1933 года были учреждены должности командующего торпедными катерами (F.d.T.) и командующего тральщиками (F.d.M.).

Редер остался командующим ВМС после того, как канцлером стал Гитлер, тем более что оба согласились с необходимостью достижения взаимопонимания с Великобританией.

16 марта 1935 года была вновь введена всеобщая воинская повинность, а 1 июня 1935 года руководство флота (Marineleitung) было переименовано в Верховное командование военного флота (Oberkommando der Kriegsmarine). 18 июня 1935 года было заключено англо-германское военно-морское соглашение, отменяющее ограничения Версальского договора и предоставляющее Германии право построить флот, составляющий до 35 процентов от британского.

В связи с ростом флота, который также планировалось развернуть в Атлантике, возникли организационные проблемы — всё это при условии сохранения нейтралитета Великобритании. С 1 апреля 1937 года начальник управления военно-морского командования одновременно стал начальником штаба командования военно-морских операций. Дальнейшие соображения привели в 1938/39 годах к формированию групп военно-морских командований Восток (Свинемюнде) и Запад (Вильгельмсхафен), задачей которых было руководство военно-морскими операциями в соответствующих районах, в то время как командующий флотом на борту своего флагмана должен был взять на себя тактическое командование.

Ведомственная позиция (в том числе и внутри ВМФ) препятствовала разумному регулированию подготовки (например, использованию общего командного языка для сухопутной и морской авиации) на этапе развития, особенно ВВС/Морской авиации, а позже, во время развертывания ВВС для выполнения военно-морских задач, также препятствовала оптимальному решению.

Тем временем политическое руководство шло по все более рискованному пути. В ноябре 1937 года Гитлер заявил, что теперь ему приходится считаться с Англией как с потенциальным противником. Следовательно, военно-морскому командованию также пришлось рассмотреть возможность войны с Великобританией. Это привело к тому, что в конце 1938 года (хотя в то время ещё действовал «окончательный и прочный» военно-морской договор с Англией, как его называл Гитлер) был разработан план «Z», который по приказу Гитлера от 27 января 1939 года должен был быть реализован до всех других проектов по вооружению к середине-концу 1940-х годов. В рамках этого гигантского плана предполагался следующий флот: 10 линейных кораблей, 3 линейных крейсера, 8 броненосцев или тяжёлых крейсеров, 4 авианосца, 44 лёгких крейсера, 68 эсминцев, 90 миноносцев или торпедных катеров, 249 подводных лодок.

Однако производственные мощности, распределение сырья и другие факторы вызвали задержки в планировании на раннем этапе. Как с политической точки зрения можно было гарантировать надлежащее финансирование и какие последствия для загруженности верфи строительством новых кораблей такого масштаба (ограниченные возможности для строительства торговых судов или судов, предназначенных для экспорта) останутся открытым вопросом. По прямому приказу Гитлера строительство линкоров получило особую поддержку, оттеснив легкие крейсера и подводные лодки на второй план, хотя не только глава управления военно-морских операций хотел, чтобы строительство линкоров отошло на второй план по сравнению с другими проектами.

28 апреля 1939 года Гитлер расторг англо-германское военно-морское соглашение, сославшись на «британскую политику окружения». Принятие или даже одобрение действий Германии против Чехословакии осенью 1938 года укрепило ошибочное представление Гитлера о западных державах и привело к безрассудной недооценке последствий гарантий, предоставленных этими государствами Польше. Это привело к нападению на Польшу, тем самым положив начало Второй мировой войне. В контексте морской войны против военно-морской мощи Великобритании германский флот находился в таком состоянии, которое гросс-адмирал Редер описал как "...что германский флот мог лишь достойно сражаться...".

Для главнокомандующего ВМФ и начальника военно-морских операций Великобритания была главным противником Германии. За исключением «Ишыьфксл» и «Ешкзшен», строительство линкоров было приостановлено, чтобы перенаправить все имеющиеся судостроительные мощности на строительство подводных лодок — мера, поддержанная не всем политическим руководством, которое надеялось, что победа над Францией сделает Великобританию более склонной к миру.

В отличие от развертывания флота в Первой мировой войне, гросс-адмирал Редер (начальник штаба адмирал Шнивинд, позже адмирал Курт Фрике) взял на себя управление операцией и умело и эффективно развернул имеющиеся силы. Технологии и снабжение, в отличие от Первой мировой войны, позволили вести войну в Атлантике. Их задачи включали борьбу с линиями снабжения материковой части Великобритании (т.е. экономическую войну), а позже и с линиями снабжения России. Кроме того, они стремились связать как можно больше союзных военно-морских сил, угрожая линиям снабжения. Созданный в результате отвлекающий эффект также был призван (и успешно) заставить вражеские силы отступить из определенных районов, тем самым разгрузив немецкие войска и позволив им выполнить поставленные задачи.

В ходе войны немецкий флот приобрел базы в норвежских, бельгийских, голландских и французских портах, в основном вдоль Атлантического побережья. Эти базы позволили ему приблизиться к Атлантическому театру военных действий из болотистой местности Немецкой бухты. Военно-морское командование воспользовалось этой возможностью; надводные корабли и, прежде всего, подводные лодки были переведены в эти оперативные порты. Когда в 1941 году британцы добились превосходства в воздухе над французским Атлантическим побережьем — верфи, особенно в Бресте, постоянно подвергались атакам — стало ясно, что надводные части больше не могут быть развернуты оттуда. Следовательно, дерзкие операции линкоров и крейсеров в рамках кампании по захвату торговых судов в Атлантике не могли быть повторены, особенно учитывая, что превосходство противника в воздухе в значительной степени позволяло обнаруживать немецкие суда снабжения. В результате «Scharnhorst», «Gneisenau» и «Prinz Eugen» были отправлены из Бреста обратно в Германию, что привело к операции «Цербер» — пересечению Ла-Манша — в феврале 1942 года. Эта операция, образец подготовки, сотрудничества, мастерства и удачи, представляла собой стратегическое отступление, но неизбежное в сложившихся обстоятельствах. Задачи ВМФ значительно возросли с оккупацией Норвегии и Франции, поскольку эти побережья также нуждались в обеспечении безопасности (как в прибрежных водах, так и на суше). По мере развития войны возникали новые театры военных действий. Это привело к фрагментации и рассредоточению его ограниченных сил.

Поскольку превосходство Великобритании с 1942 года (включая военно-морскую мощь, превосходство в воздухе и возможности радиолокации) оставляло крупным немецким военно-морским силам мало шансов на выживание, не говоря уже о возможности проведения значительных боевых действий, боевые корабли были в основном переведены в норвежские воды, где они действовали как «флот в боевом состоянии». Из-за нехватки нефти, а также во избежание больших рисков (конвои противника частично сопровождались авианосцами), линкоры и крейсеры большую часть 1942 года простаивали в Северном море, в то время как в Африке и под Сталинградом нависали угрозы катастроф.

В канун Нового года 1942 года произошло сражение между немецкой боевой группой под командованием вице-адмирала Кумметца на борту «Admiral Hipper» и британским эскортом. Немцы в какой-то момент прекратили бой, что имело серьезные последствия для флота. Гитлер теперь хотел списать большие корабли, которые он считал бесполезными, и настаивал на этом даже в разговоре с Редером, который прибыл в штаб фюрера на встречу 6 января 1943 года. В результате главнокомандующий ВМФ попросил отставки после 15 лет пребывания в должности. 30 января 1943 года его назначили генеральным инспектором военно-морского флота, что фактически являлось почетной синекурой.

В качестве преемника на посту главнокомандующего ВМФ Редер предложил Гитлеру кандидатуры главнокомандующего военно-морской группой «Север» генерала-адмирала Карльса и главнокомандующего подводными лодками адмирала Дёница. Гитлер выбрал Дёница, поскольку подводные лодки играли главную роль в морской войне. Это положило начало новому стилю военно-морского руководства. В то время как Редер видел своё место в Командовании военно-морских операций (ОКМ) и держался на расстоянии от штаба фюрера, Дёниц считал, что сможет лучше представлять флот и защищать его от некомпетентного влияния, часто оказывая там своё собственное воздействие. Это решение оказалось успешным. Благодаря тому, что Дёниц оставался спокойным, объективным и ясным во время брифингов, даже во время бурных эмоциональных вспышек Гитлера, и благодаря тому, что он немедленно исправлял любые допущенные ошибки, а также благодаря тому, что он ясно и без прикрас сообщал неприятные новости, поражения и т. д., Гитлер доверял новому главнокомандующему флотом.

Первоначально Дёниц столкнулся с проблемой вывода из эксплуатации и утилизации линкоров и крейсеров. Он вывел из кампании старые линкоры (учебные корабли) «Schleswieg-Holstein» и «Schlesien», поврежденный «Admiral Hipper», а также условно боеспособные легкие крейсера «Leipzig» и «Köln», но не утилизировал их. Он перевел в состав учебного флота «Admiral Scheer», «Lutzow», «Prinz Eugen» и «Nürnberg», но оставил их готовыми к развертыванию в любой момент при необходимости. Однако «Tirpitz» и «Scharnhorst» остались в северной Норвегии, чтобы защищать там позиции и угрожать арктическому эскорту.

Назначение Дёница, фактически остававшегося командующим подводными лодками (B.d.U.), привело к организационным изменениям в военно-морском командовании. Оперативный отдел B.d.U. был интегрирован в военно-морское командование как 2/Skl – B.d.U. op. Начальником отдела оставался главнокомандующий, капитан-цур-зее Годт, с 1 марта 1943 года получивший звание контр-адмирала. Он был правой рукой Дёница с января 1938 года, сначала в качестве 1-го штабного офицера, а затем в качестве руководителя отдела B.d.U.

Едва только Дёниц решил проблему надводных сил, весной 1943 года подводная война рухнула. Великобритания, с помощью своих союзников, сумела взять под контроль эту жизненно важную угрозу; охотники стали жертвами. Новое оружие, противорадиолокационное оборудование, новое радиолокационное устройство наблюдения и, в конечном итоге, разработка шноркеля повысили шансы на выживание подводных лодок, которые продолжали действовать бок о бок с противником, но они уже не могли вступить в решающее сражение.

В апреле 1943 года вице-адмирал Вайхольд был назначен специальным исполняющим при командовании (Sonderbeauftragter des Ob.d.M.) для поиска способов достижения успеха в береговой обороне с использованием нового оружия, неизвестного противнику, и использования элемента внезапности. В апреле 1944 года было официально создано Командование малых боевых частей, и находчивый контр-адмирал Хельмут Хайе был назначен адмиралом малых боевых частей. Однако эти части не сыграли решающей роли в ходе войны.

Дёниц, который считал себя не столько начальником военно-морских операций, сколько главнокомандующим ВМФ — это мнение внешне отразилось в том, что должность начальника штаба военно-морских операций позже (1 мая 1944 года) была переименована в начальника военно-морских операций, — действовал нетрадиционно и без предвзятости по отношению к ведомству, когда считал это выгодным для всего флота и для выполнения задач, стоящих перед ним. Таким образом, на основании соглашения, заключенного 22 июля 1943 года с рейхсминистром вооружений и боеприпасов под названием «Осуществление программы строительства флота 1943 года», он передал последнему значительную часть задач Главного управления военно-морского строительства, а в состав вновь созданной судостроительной комиссии вошли не только военнослужащие ВМФ, но и гражданские инженеры и ученые.

С наступлением Красной Армии надводные силы получили возможность вмешаться. «Leipzig» был вновь введен в строй еще в августе 1943 года; весной 1944 года за ним последовали «Admiral Hipper» и «Köln», а с июля 1944 года до капитуляции части учебного корпуса флота под командованием вице-адмиралов Августа Тиле и Бернхарда Рогге постоянно развертывались для поддержки армии и защиты немецких баз и морских портов. В последние месяцы, предшествовавшие капитуляции — германскому флоту удавалось сохранять военно-морское превосходство в Балтийском море — военные корабли и торговые суда перевозили солдат, раненых и беженцев с востока на территорию Германии. Первая крупная операция такого рода состоялась в сентябре 1944 года, когда из Ревеля было эвакуировано около 50 000 военнослужащих вермахта и 85 000 гражданских лиц.

Однако крупномасштабная эвакуационная операция началась только в конце января 1945 года, когда возникла угроза наступления советских войск на Восточную и Западную Пруссию. Были задействованы все имеющиеся корабли — торговые суда всех размеров, плавучие базы, суда обеспечения и прочие плавсредства, такие как рыболовные катера, баржи, артиллерийские транспортеры и даже более крупные и тяжелые корабли, вплоть до тяжелых крейсеров. Тральщики постоянно патрулировали назначенные морские районы (британское воздушное минное наступление в западной и центральной части Балтийского моря значительно затруднило эвакуацию). В ходе этой эвакуации, при потерях от 0,1 до 0,2 процента (включая корабль KdF «Wilhelm Gustloff»), было перевезено более 2 миллионов солдат, раненых и беженцев – достижение как командующих, руководивших операцией, так и командиров, капитанов, экипажей и персонала, развернутых на месте. (Документация этой спасательной операции выставлена в военно-морском мемориале Лабё.) Еще 8 мая 1945 года эсминцы и торпедные катера в последний раз отправились на восток в Хелу, где остались только боевые части, чтобы принять на борт как можно больше беженцев и личного состава Вермахта и высадить их в Шлезвиг-Гольштейне 9 и 10 мая.

17 апреля 1945 года главнокомандующий ВМФ, гросс-адмирал Дёниц, перенесший свой штаб в Северную Германию, одновременно стал главнокомандующим Северного вермахта и, после смерти Гитлера, неожиданно главой государства и верховным главнокомандующим вермахта. Его преемником на посту главнокомандующего ВМФ стал предыдущий командующий подводными лодками, адмирал фон Фридебург. Поскольку Дёниц, как глава государства, часто полагался на своих военно-морских офицеров, фон Фридебург в значительной степени отвечал за проведение переговоров о капитуляции и 4 мая 1945 года заключил с британским фельдмаршалом Монтгомери соглашение о частичной капитуляции северо-западной Германии, Дании и Нидерландов.

7 мая 1945 года в штабе генерала Эйзенхауэра в Реймсе было подписано соглашение о безоговорочной капитуляции, которое вступило в силу 8 мая 1945 года.

Действующее правительство было арестовано британцами во Фленсбурге-Мюрвике 23 мая 1945 года. Главнокомандующий ВМФ, адмирал фон Фридебург, покончил жизнь самоубийством.