К этому времени к Пруссии Наполеон начал относиться весьма бесцеремонно, поэтому прусское правительство решилось на ультиматум, с требованием очищения французами южной Германии и согласия на образование «Северного союза». Наполеон отверг этот ультиматум и поспешил начать наступление.

В первой же битве пруссаки потерпели урон, за которым через несколько дней последовало полное поражение под Йеной и Ауэрштедтом, отдавшее во власть Наполеона всю Германию до Эльбы. Через две недели Наполеон вступил в Берлин, вскоре после того сдались Штетин, Кюстрин, Магдебург. Мекленбург и Ольденбург также были заняты французами. На ганзейские города была наложена тяжёлая контрибуция. Из Кенигсберга, куда удалился прусский двор, Фридрих-Вильгельм III умолял Наполеона прекратить войну, соглашаясь присоединиться к Рейнскому союзу; но победитель делался все требовательнее, и прусский король вынужден был продолжать борьбу. На помощь к нему явилась Россия, выставившая две армии, с целью помешать переправе французов через Вислу. Наполеон обратился к полякам с воззванием и вступил в Варшаву. Целый ряд упорных битв на Висле ознаменовал зиму 1806—1807 гг.; из них сражение при Прейсиш-Эйлау не доставило Наполеону того блестящего успеха, который до тех пор сопровождал его оружие. После занятия французами Данцига (24 мая 1807) и поражения русских под Фридландом (14 июня), позволившего французам занять Кенигсберг и даже угрожать русской границе, 7—9 июля был подписан Тильзитский мир. По условиям Тильзитского договора Пруссия лишилась половины своих владений и, кроме того, должна была выплатить огромную контрибуцию, содержать до окончательной расплаты за свой счёт французские гарнизоны и соблюдать разные стеснительные условия, выгодные для Франции, Наполеон стал полным властелином Германии.

Во время этой войны в Штеттине, около Данцига и в Восточной Пруссии в 1806 были образованы маленькие силы, которые обозначались как „Королевская флотилия“, данных о корабельном составе не сохранилось. После заключения Тильзитского мира в 1807 она была распущена.

Во время войны с Россией Пруссия вынужденно была союзником Франции, но крайне ненадёжным, в самой Пруссии против французов велась партизанская война. Таможенную и сторожевую службу на море несли исключительно французские корабли.

После поражения Наполеона русские войска прошли через страну на запад как освободители. После освобождения Пруссии в 1813 в строй вступили 6 вахтенных кораблей под прусским флагом, но так, как морских боевых действий на Балтике не происходило, они использовались только, как таможенные. С переносом боевых действий в начале 1913 г. на запад, необходимость в кораблях и вовсе отпала, и их вскоре разоружили и продали.